No por programar en PHP tienes que estar casado con Linux pero la verdad es que eso es lo que suele pasar, nosotros mismos hemos tenido proyectos con la parte servidora corriendo en Windows, SQLServer e IIS y el UI en PHP en Linux obligando al cliente a mantener dos tipos de servidores con los problemas y gastos que puede generar eso.
El otro dÃa ya estuve escribiendo sobre las ventajas del PHP, rápido y sencillo (por no hablar de la cantidad de programadores que puedes encontrar), por lo que no es descabellado plantear un proyecto con el UI en web en PHP mientras toda la parte servidora la tienes en .NET, con SQLServer como base de datos e IIS como servidor de aplicaciones.
La gente de Microsoft ha preparado un KIT de entrenamiento para los programadores de PHP, en este KIT tienes ejemplos y documentación para usar IIS y SQLServer desde PHP, lo puedes descargar desde aquà y encontraras:
PHP & SQL Server Demos.
Integrating SQL Server Geo-Spatial with PHP.
SQL Server Reporting Services and PHP.
PHP & SQL Server Hands On Labs.
Introduction to Using SQL Server with PHP.
Using Full Text Search over Office Documents in PHP.
PHP on Windows Hands On Labs.
IIS Access Control Features for PHP.
Using IIS 7.0 Media Features in a PHP Application.
Troubleshooting PHP.
Migrating PHP Applications to IIS 7.0.
A disfrutarlo 
